آب سخت حاوی غلظت بالایی از کلسیم، منیزیم و سایر نمک‌های معدنی است که وقتی حرارت داده و تبخیر می‌شود، می‌تواند رسوب‌هایی را بر روی سطوح مبدل‌های حرارتی کندانسور خنک‌شده با آب تشکیل دهد. با گذشت زمان، این مقیاس به عنوان یک مانع عایق بین آب خنک کننده و سطوح فلزی کندانسور عمل می کند که راندمان تبادل حرارت را مختل می کند. با ضخیم شدن مقیاس، انرژی بیشتری برای رسیدن به همان اثر خنک کننده نیاز دارد که منجر به کاهش راندمان سیستم، هزینه های عملیاتی بالاتر و افزایش سایش سیستم می شود. تجمع رسوب همچنین می تواند منجر به کاهش ظرفیت جریان در کندانسور شود و در نتیجه فشارها و دماهای بالاتری ایجاد شود. برای مبارزه با این اثرات، بسیاری از کندانسورهای آب خنک از نرم کننده های آب استفاده می کنند که یون های کلسیم و منیزیم را حذف می کنند یا از مواد شیمیایی ضد رسوب برای جلوگیری از تشکیل رسوب استفاده می کنند.

کیفیت آب با سطوح pH شدید (چه خیلی اسیدی یا خیلی قلیایی) می تواند منجر به خوردگی اجزای فلزی در آب شود. کندانسور آب خنک . آب با pH پایین (اسیدی) می تواند باعث اکسیداسیون سطوح فلزی شود که منجر به زنگ زدگی و تضعیف یکپارچگی ساختاری کندانسور می شود، در حالی که آب با pH بالا (قلیایی) می تواند باعث خوردگی قلیایی شود که سطوح فلزی را تجزیه می کند. وجود کلریدها که اغلب در آب دریا یا آب خنک کننده صنعتی یافت می شود، می تواند خوردگی حفره ای را تسریع کند و منجر به آسیب موضعی شود. برای جلوگیری از خوردگی، آب باید تصفیه شود تا محدوده pH بهینه، معمولاً بین 7 تا 8.5 حفظ شود، که برای جلوگیری از خوردگی اسیدی و قلیایی ایده آل است. بازدارنده‌های خوردگی مانند فسفات‌ها، ترکیبات روی یا سیلیکات‌ها معمولاً همراه با آزمایش‌های منظم آب برای اطمینان از کیفیت آب در محدوده‌های قابل تحمل استفاده می‌شوند.

منابع آبی که حاوی رسوبات، کثیفی یا سایر ذرات معلق هستند می توانند منجر به گرفتگی و انسداد در لوله کشی کندانسور و سیستم مبدل حرارتی شوند. این ذرات جامد می توانند جریان آب را مسدود کرده و ظرفیت آن را برای انتقال گرما از کندانسور کاهش دهند. جریان کاهش یافته فشار داخل کندانسور را افزایش می دهد و راندمان خنک کننده کلی آن را کاهش می دهد. با گذشت زمان، انباشته شدن رسوب می تواند منجر به سایش ساینده در اجزای داخلی، افزایش بیشتر نیازهای تعمیر و نگهداری و احتمال خرابی شود. برای کاهش این مشکلات، سیستم‌های فیلتراسیون یا صافی‌ها معمولاً در نقاط ورودی آب نصب می‌شوند تا ذرات بزرگ را قبل از ورود به کندانسور جذب کنند. این سیستم ها برای حذف ماسه، سیلت و سایر مواد جامد معلق که می توانند به اجزای داخلی آسیب برسانند یا عملکرد را کاهش دهند، طراحی شده اند.

رسوب زیستی زمانی اتفاق می‌افتد که میکروارگانیسم‌هایی مانند باکتری‌ها، جلبک‌ها و قارچ‌ها روی سطوح تبادل حرارت کندانسور تجمع می‌کنند. هنگامی که این میکروارگانیسم ها کنترل نشوند، می توانند یک بیوفیلم تشکیل دهند که به عنوان یک لایه عایق عمل می کند که به طور قابل توجهی انتقال حرارت را مختل می کند. بیوفیلم همچنین باعث خوردگی و گرفتگی می شود و کارایی سیستم را کاهش می دهد. رسوب زیستی در سیستم‌هایی که از آب‌های سطحی (رودخانه‌ها، دریاچه‌ها یا آب دریا) استفاده می‌کنند که سطوح بالاتری از مواد آلی دارند، رایج‌تر است. رشد جلبک ها به ویژه مشکل ساز است زیرا می تواند جریان آب را مسدود کند و منجر به افزایش مصرف انرژی شود زیرا سیستم کاهش راندمان انتقال حرارت را جبران می کند. برای مبارزه با رسوب زیستی، سیستم‌های تصفیه آب اغلب شامل بیوسیدهای شیمیایی (مانند کلر، برم یا ترکیبات مبتنی بر مس) هستند که میکروارگانیسم‌ها را قبل از ایجاد یک بیوفیلم از بین می‌برند. درمان اشعه ماوراء بنفش (UV) یکی دیگر از گزینه های سازگار با محیط زیست برای جلوگیری از رشد میکروبی است.